从剧情上来讲，仙剑二也比仙剑一更深入一些。仙剑一只是在人间晃悠，仙剑二终于涉及了神魔。在涉及了神魔之后，仙剑二的主角却没有认命。

仙剑二的剧情的阴谋也很简单。

在远古时期，三界还能交流，建木还能被砍断。那时候各大部落之间战斗都是背靠着神魔大能，他们崇拜的图腾，就是从神魔妖兽那里借力量，那时候，祭司拥有超出人类的力量。人类的一举一动都在其他有力量的种族的操控下。他们食不果腹，但是获取的食物中有大部分都要贡献给他们的“神灵”。

当黄帝和蚩尤大战的时候，神魔也纷纷下场，把陆地打得千疮百孔。

无论什么地方打架都是一样，打了小的来了大的，最后越来越难收场。后来神界似乎也出了一点失误，没能控制住局面，烛龙被激怒，撞倒了不周山，天上破了一个窟窿，人间几乎被淹没。

这时候神界分成了两派，一派以天帝伏羲为首，他们认为天会自我修复，只是需要“一点”时间。“这点”时间对于神灵而言不过弹指一挥，而补天则需要耗费许多精力。于是伏羲砍掉建木，封闭神界，再不与人界往来。

魔界也是如此，他们也封闭了魔界，自己过着自己的小日子。而神魔的战场，人间界则面临着生灵涂炭。人类没有强大的力量，没有长久的寿命，他们面对这种天灾，就几乎是灭族之祸。

神灵中以女娲为代表的另一派则十分同情人类，且认为这件事神灵也有很大的责任。他们四处奔走，想要拯救人间界。最后女娲在众多善良的神灵的帮助下，修补了天空，让大地恢复正常。然而因为神界封闭，女娲和那些善良的神灵无法回到神界，因为浊气下沉，他们身上的神力与日俱减，补天的时候没有补好。女娲为人间界留下了一重保险——即仙剑一中的女娲族人。

之后流落在地面上的神灵们身体被浊气入侵，伏羲不允许他们回神界。他们便流落在了大地上。女娲带着一部分以她为图腾的祭司族人们入了九幽；有些神灵开门立牌——即修仙门派最初的由来；有些神灵则成为了“土地神”“山神”；有些神灵则散掉神力，和人类混居，留下了后代。

因为神魔二界退出了人间界，人间关于神魔的事渐渐成了传说，人间罕见神魔，仅仅有些低等妖魔。甚至许多人类已经不再相信神魔的存在。

然而时过境迁，神魔中的一些却脑袋一拍，想起了人间界。

一些魔族想念人间界的七情六欲，人心魔念丛生；一些神族想念人间界对神灵的崇拜和祭祀。当神魔界和人间界还能来往的时候，他们的生活多姿多彩多了。那像是现在，魔族就是连年征战，神族就是一片寂寥。

于是一部分魔族和一部分神族就偷偷联合起来，想要重新回到人间界。魔族和神族的高层明面上是不同意的，他们禁止族人们再进入人间界。特别是神族，如果私自下凡，是会被剥夺神籍，打入轮回。

不过他们的勾连还是成功了。这明面上动手的是魔族，魔族将魔种投入了凡间，等待着魔种生根发芽，在世间重新嫌弃腥风血雨。

这时候和其他神灵们格格不入，一心只喜欢战斗的神将飞蓬多次和魔尊重楼约架，飞蓬就被当做了和魔族勾连的那些神灵的替罪羊，被打入了凡间。他的佩剑在被捉拿的时候掉落人间。

飞蓬多次转世，这一世为永安当的小伙计景天。重楼在力量快要进入最后层次突破的时候需要解决掉他的执念，而他的执念，就是当初还不是魔尊的时候和飞蓬那次打了一半的架。重楼“掐指一算”，算到了飞蓬这一世所在，拎着魔剑找到了景天，逼着景天成长，好和他打架。

景天：你是不是脑子有病？